Bifidobacterium može učinkovito inhibirati zajedničku kvarenje i nisku - temperaturne bakterije. Njegov antibakterijski učinak uglavnom je putem konkurencije prehrambenih i adhezijskih mjesta, proizvodnju antibakterijskih supstanci i jačanje imuniteta tijela. Ima uticaj na adheziju i reprodukciju crevnih patogenih bakterija. U antagonizam i blokiranje patogeneze bolesti. Antibakterijske tvari koje su proizvele bifidobakterije uglavnom su organske kiseline, bakteriocine, bakteriocine i druge antibakterijske tvari.
Volatile kratke - lanac masne kiseline kao što su mliječna kiselina i sirćetna kiselina, koja su metaboliti bifidobakterije, povećavaju koncentraciju vodikovih jona u okolišu, što je veće od koncentracije vodikovih jona u ćelijama patogenih bakterija. Vodonik ioni prodire u ćelije patogenih bakterija kako bi ih učinili zakiseljavanjem citoplazma utjecati na njegov rast, pa čak i neaktivirati patogene bakterije za postizanje antibakterijskih efekata.
Studije su pokazale da bifidobakteria fermentacijska bujona ima očigledan antibakterijski efekt in vitro, a nizak pH je važan uvjet za svoj antibakterijski učinak. Pored toga, neke bifidobakterije mogu metabolizirati za proizvodnju proteina sintetiziranim ribosomima sa antibakterijskim efektima, nazvanim bakterijskim toksinima, koji mogu inhibirati rast ostalih patogenih bakterija.